Го подобрува варењето на храната и работата на дигестивниот систем, и ја обновува цревната флора.
Спирулината е 95% сварлива бидејќи има меки ѕидови. Луѓето што користат спирулина може веднаш да приметат подобрување при варењето и празнењето на цревата. Ги потиснува лошите бактерии e-coli и Candida, а ги стумулира добрите бактерии како lactobacillus и bifidobacteriа кои се добри за флората . Lactobacillus бактеријата во цревата делува на три начини : подобро варење и абсорбција на храната, штити од инфекции и го подобрува имунолошкиот систем. Спирулина ги прочистува цревата и помага при тврда столица и хемороиди.