Витаминот Б12 таканаречен кобаламин кој го има во изобилие во спирулина е витамин кој игра главна улога за фунционирање на мозокот и нервниот систем и за формирање на крвта. Витаминот Б12 е вклучен во метаболизмот на секој клетка од човековото тело , посебно е значаен за синтеза и регулација на ДНК и синтеза на масни киселини и стварање на енергија во телото. Тој обично се наоѓа во храна од животинско потекло, а спирулина е еден од ретките извори од растително потекло.
Недостаток од витамин Б12 може да доведе до: анемија, проблеми со стомакот, умор, депресија, зашеметеност, воспален црвен јазик, раздразливост, нервоза и други проблеми со нервите, неправилна работа на срцето.